Кристоффер Эккерсберг родился в Блокроге (дат. Blakrog) на юге полуострова Ютландия. С 1803 года учился в Академии художеств в Копенгагене, закончил её в 1809 году с золотой медалью и получил стипендию для поездки в Париж. В 1811—12 годах учился в мастерской у Ж. Л. Давида. В 1813—16 годах жил в Риме. С 1817 года — профессор Академии художеств в Копенгагене, в 1827—29 — её директор. Из-за проблем со зрением перестал писать. Умер 22 июля 1853 года в Копенгагене во время эпидемии холеры. Похоронен в Копенгагене.